Po zakończeniu II wojny światowej, wraz z odbudową polskiej gospodarki, również kultura polska zaczęła odradzać się na nowo, a w tym działalność Towarzystwa Bibliofilów w Toruniu. Pierwsze spotkanie po wojnie odbyło się w domu Heleny Piskorskiej w dniu 3 kwietnia 1945 r. W poczet nowych członków przyjęto dra Stefana Burhardta, kustosza Stanisława Lisowskiego, profesora Zygfryda Gardzielewskiego, mgra Andrzeja Bukowskiego, księży dra Franciszka Janka i Zygfryda Kowalskiego. Po wojnie w Towarzystwie znaleźli się profesorowie Uniwersytetu Mikołaja Kopernika Bronisław Jamonnt, Jerzy Hoppen, Leonid Żytkowicz, kustosz Hanna Makowiecka, radca Ignacy Stadniczenko, prawnicy Maciej Bajraszewski i Marian Niklewski. Ignacy Dziedzic objął funkcję prezesa, Helena Piskorska została wiceprezesem, Andrzej Bukowski sekretarzem, a Zygfryd Gardzielewski skarbnikiem.

Do kolejnych zmian organizacyjnych doszło 28 października 1947 r., kiedy Stanisław Lisowski został wybrany nowym prezesem, a Ignacy Dziedzic został wiceprezesem. Lata 1953-1956 to czas niezwykle ożywionej działalności Towarzystwa. Wśród miłośników książek znaleźli się: Wiesław Mincer, Irena Voise, Zbigniew Nawojski. Na zebraniu w styczniu 1955 roku Henryk Baranowski został mianowany sekretarzem, a w poczet nowych członków włączono Emmę Skobejko i Leonarda Jarzębowskiego. Liczba członków Towarzystwa w tym czasie przekroczyła limit 20 osób, więc zmieniono artykuł trzeci statutu ograniczający dotychczasową liczbę członków. Funkcję prezesa w okresie powojennym najdłużej pełnił Stefan Burhardt, od 27 czerwca 1950 do 1970 r. Zdołał on przeprowadzić towarzystwo przez trudne dla nauki i kultury czasy stalinowskie. Toruńskie Towarzystwo Bibliofilów było jedynym, które nie zawiesiło swej działalności. Po zakończeniu II wojny światowej uznano, że bibliofilstwo jest sprzeczne z ideą „książki dla mas”. Dlatego też zamiast słowa „bibliofil” stosowano „przyjaciel” lub „miłośnik książek”. 17 marca 1970 r., na specjalnym zebraniu, Stefan Burhardt zakończył działalność jako prezes Towarzystwa Bibliofilów. Na wniosek Hieronima Góralskiego nadano mu honorowe członkostwo. W 1973 r. honorowymi członkami zostały dr Helena Piskorska i mgr Janina Przybyłowa. W latach 1970-1972 prezesem był Henryk Baranowski, a od 1972 r. Tadeusz Zakrzewski. Nowy zarząd doprowadził do tego, że Towarzystwo uzyskało osobowość prawną, a także licencję wydawniczą Naczelnego Zarządu Wydawnictw. Rozpoczęto prace nad nowym statutem, dostosowanym do ówczesnych warunków. Efekt tych prac był widoczny 9 maja 1976 r., kiedy podczas obchodów pięćdziesięciolecia towarzystwa, przedstawiono nowy statut, opracowany przez Henryka Baranowskiego, Stefana Burhardta i Tadeusza Zakrzewskiego. Od 23 lutego 1996 r. do 6 marca 2002 r. w skład Zarządu wchodzili: Janina Huppenthal – prezes, Stanisław Frankowski-wiceprezes, Anna Churska - sekretarz, Aleksander Kotlewski - skarbnik i członkowie: Mirosława Wojtczak, Kazimierz Przybyszewski. Do komisji Rewizyjnej należeli: Zefiryn Jędrzyński, Karola Ciesielska, Maria Kalota-Szymańska. W 1999 roku Towarzystwo liczyło 41 członków. Niestety odeszło trzech wybitnych bibliofilów: Zenon Hubert Nowak - historyk, Jan Fidler - autor fotografii o życiu Towarzystwa. 17 października 2001 r. zmarł honorowy członek Towarzystwa, artysta grafik, typograf i drukarz – Zygfryd Gardzielewski, który przez ponad 50 lat dbał o szlachetny kształt druków bibliofilskich. 6 marca 2002 r. wybrano nowy zarząd. Na stanowisku prezesa dalej pozostała Janina Huppenthal, podobnie jak wiceprezes – Stanisław Frankowski. Nowym sekretarzem został Jerzy Dygdała. W lutym skarbnikiem został Andrzej Warot. W latach 2002-2005 Towarzystwo straciło czterech długoletnich członków: Edmunda Józefowicza, Adama Raczyńskiego, Stefana Czaję i Bolesława Węgrzyna. W podziękowaniu za wieloletnią pracę w Towarzystwie w 2002 r. nadano członkowstwo honorowe dr Henrykowi Baranowskiemu i prof. Andrzejowi Tomczakowi.