Janina Huppenthal urodziła się 2 lutego w Proszowicach koło Krakowa. W latach 1947-1952 studiowała polonistykę na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Pracę magisterską „Kroniki” Wilhelma Feldmana obroniła u prof. Bronisława Nadolskiego.

Zaraz po studiach otrzymała pracę w Książnicy Miejskiej im. Mikołaja Kopernika w Toruniu, gdzie pełniła następujące funkcje: kierownik Ośrodka Informacyjno- Bibliograficznego (1953), kierownik Działu Udostępniania (1955), zastępca dyrektora Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej i Książnicy Miejskiej (1975-1991).

Janina Huppenthal poświęciła bardzo dużo pracy na tworzenie kartotek katalogowych, gromadzenie materiałów do katalogów centralnych i bibliografii. W związku z tym prowadziła aktywną współpracę z Biblioteką Narodowa i Biblioteką Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jej autorstwa jest spis czasopism za 1956 r. ze zbiorów Książnicy Miejskiej, przeznaczony dla Instytutu Chemii Nieorganicznej w Gliwicach. Dla Jednostki Wojskowej w Bydgoszczy opracowała regionalny katalog materiałów z zakresu ekonomiki wojennej (1964). Opracowała również bibliografię dla Teatru Wilama Horzycy Festiwale Teatrów Polski Północnej - ważniejsze publikacje 1959-1967 (1986). Poza tym spisała zawartość publikacji Towarzystwa Naukowego w Toruniu z działów: historycznego, filologiczno-filozoficznego, matematyczno-przyrodniczego i prawno-społecznego (1967). Na prośbę Instytutu Chemii im. Nenckiego w Łodzi przygotowała spis czasopism chemicznych z Książnicy Miejskiej oraz Silsiana dla Biblioteki Śląskiej.

W ramach współpracy z Uniwersytetem Jagiellońskim w latach 1963-1993 udało się opracować, również w oparciu o zbiory Książnicy, materiały dla Zakładu Bibliografii Polskiej XIX wieku, które miały służyć do ponownego wydania Bibliografii Polskiej XIX wieku Karola Estreichera.

Pierwszą publikacją Janiny Huppenthal był poradnik bibliograficzny z 1966 r. Drugi Pokój Toruński. W kolejnych latach ukazywały się bibliografie zalecające samodzielne i załącznikowe, katalogi wystaw. Wszystkie prace były graficznie opracowywane przez Zygfryda Gardzielewskiego.

Zorganizowała ponad sto wystaw, również poza Toruniem, m.in. Ziemie nadbałtyckie zawsze polskie (Kwidzyn 1966, 1000-lecie Państwa Polskiego i 500 rocznica II Pokoju toruńskiego), Praca i walka Związku Drukarzy Polskich (Bydgoszcz 1970), Ludowy i patriotyczny nurt w twórczości Teofila Lenartowicza (Włocławek 1972), Biblioteka Mikołaja Kopernika (Warszawa 1974), Stanisław Gliwa – grafik, drukarz, wydawca z Londynu (Chełmża 1994).

Działała w różnych związkach, towarzystwach i instytucjach, m.in. w Związku Zawodowego Pracowników Kultury i Sztuki (organizacja szkoleń, czynów społecznych, imprez kulturalnych). Od 1952 r. należała do Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich.

4 czerwca 1976 r. została członkiem Towarzystwa Bibliofilów im. Joachima Lelewela i od razu aktywnie włączyła się w jego działalność. W 1977 r. opracowała życiorys dra Zenona Ziółkowskiego (członka Towarzystwa od 1959 roku). Referat prezentujący rozwój współpracy Towarzystwa Bibliofilów oraz Książnicy Miejskiej został przedstawiony podczas uroczystości z okazji trzechsetnego spotkania Towarzystwa oraz 75-lecia Książnicy Miejskiej.

Podczas Ogólnopolskiego Zjazdu Bibliofilów w Toruniu w 1978 r. Janina Huppenthal była odpowiedzialna za opracowanie materiałów pokonferencyjnych. W grudniu 1994 r. zastąpiła Stanisława Frankowskiego w pełnieniu obowiązków prezesa Towarzystwa.

Janina Huppenthal bardzo zaangażowała się w przygotowanie obchodów siedemdziesiątej rocznicy powstania Towarzystwa w 1996 r. Uroczystości tej towarzyszyły liczne odczyty, sesje, mini-aukcje oraz wystawy, które miały na celu ukazanie historii Towarzystwa, jego wkład w rozwój kultury i nauki na Pomorzu oraz sylwetki wybitnych bibliofilów, co spotkało się z wielkim zainteresowaniem.

Aktywna działalność Janiny Huppenthal wyrażała się również w organizowaniu m.in. biesiady bibliofilskiej z okazji 75-lecia Towarzystwa, która odbyła się w 2001 r., sesji poświęconej pamięci wybitnego grafika Zygfryda Gardzielewskiego (16-17.11.2002), na której wygłosiła referat ukazujący zaangażowanie grafika w działalność Towarzystwa Bibliofilów pt. Inicjatywy bibliofilskie Zygfryda Gardzielewskiego.

Jako prezes Towarzystwa Bibliofilów w Toruniu nawiązała owocną współpracę z Muzeum Okręgowym w Toruniu, Biblioteką Gimnazjum Akademickiego w Toruniu, Stowarzyszeniem Bibliotekarzy Polskich. Współpraca ta sprzyja wymianie doświadczeń oraz pomaga we wspólnym organizowaniu sesji, mini-aukcji, wystaw i zjazdów.

Janina Huppenthal jest autorką wielu relacji z mini-aukcji, wystaw i zjazdów organizowanych przez Towarzystwo Bibliofilów, m.in. Na 65-lecie powstania Towarzystwa Bibliofilów w Toruniu (1991), Bibliofile - bibliofilom. Na okolicznościowe spotkanie w 75. rocznicę powstania Towarzystwa Bibliofilów (2001), Bliskie sercu bibliofila: katalog wystawy zorganizowanej z okazji 65-lecia Towarzystwa Bibliofilów im. Joachima Lelewela w Toruniu (1993). Nakładem Towarzystwa w 1994 r. wydano jej pracę Sercem i dłonią: spuścizna po Stanisławie Gliwie w zbiorach Książnicy Miejskiej im. Mikołaja Kopernika w Toruniu.

Za swą aktywną działalność na polu naukowym została wyróżniona m.in. Dyplomem Uznania Polskiego Związku Chórów i Orkiestr (1981), Dyplomem Honorowym PTTK (1980), Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (1981). Otrzymała również nagrody Ministra Kultury i Sztuki, Funduszu Literatury, Medal Komisji Edukacji Narodowej.

Posiadała cenny księgozbiór, który był odzwierciedleniem jej zainteresowań. W jego skład wchodziły: książki, programy teatralne, czasopisma, albumy, kalendarze, mapy, druczki bibliofilskie, grafika i ekslibrisy. Tematyka dominująca w zbiorach Huppenthal to Toruń, Katyń, Jan III Sobieski. Wśród autorów jest dużo dzieł Jana Parandowskiego, Jerzego Waldorffa, Czesława Miłosza, Igora Newerly, Juliana Tuwima i wielu innych.

Ogromna ilość pozycji jest z zakresu bibliotekarstwa, opracowań historii książki, drukarstwa, bibliografii, m.in. Dahl Sven Dzieje książki, 1965; Dawna książka i kultura, 1975; Helena Szwejkowska Książka drukowana XV-XVIII wieku, 1980; Aleksandra Mendykowa Metodyka bibliograficzna, 1963. Do najbardziej cennych pozycji Janina Huppenthal zalicza prace: Włodzimierz Górski Krótki rys bibliotekarstwa (Warszawa 1862), Franciszek Jaworski Autor, drukarz i nakładca (Lwów 1928), Józef Grycz Biblioteka Narodowa na drugim etapie działalności (Kraków 1932).

Interesującym zbiorem jest ponad 500 programów teatralnych sztuk z Teatru im. Wilama Horzycy w Toruniu z lat 1945-2000. Już od dawna Janina Huppenthal zbiera publikacje dotyczące sztuki oraz wydawnictwa albumowe, zawierające dzieła wielkich polskich malarzy: Jana Matejki, Juliusza Kossaka, Wojciecha Kossaka, Stanisława Wyspiańskiego. Kilka albumów przedstawia też piękno polskiej przyrody.

Wśród zbiorów znajdują się też kalendarze ścienne o różnorodnej tematyce, np. Konstytucja 3 Maja, fragmenty gotyckiej architektury Torunia, obrazy z kolekcji polskich malarzy. Księgozbiór uzupełniają mapy, przewodniki, informatory. Janina Huppenthal oczywiście gromadziła też pozycje bibliofilskie, druki wydane przez polskie towarzystwa bibliofilskie, razem jest ich 128, m.in. Kazimierz Przerwa-Tetmajer Legenda Tatr, z drzeworytami Włodzimierza Skoczylasa (Warszawa 1948), Julian Tuwim Wiersze dla dzieci, z ilustracjami Olgi Siemaszko (Warszawa 1988). Prezes Towarzystwa Bibliofilów posiada również grafiki i ekslibrisy Wojciecha Jakubowskiego, Zbigniewa Jóźwika, Stanisława Gliwy, Zygmunta Kolarczyka i Zygfryda Gardzielewskiego, Edmunda Kuczyńskiego, Jerzego Hoppen, Bronisława Jamontta. Za najcenniejszy okaz swej kolekcji uważała drzeworyt Witolda Chomicza z 1961 r., który przedstawia wnętrze oficyny drukarskiej, a w niej zecera, drukarza i czytającego tekst. Drzeworyt ten jest prezentem od Marii Gliwy.

W maju 2013 r. Janina Huppenthal  otrzymała tytuł Członka Honorowego Towarzystwa Bibliofilów im. J. Lelewela.

Zmarła 15 czerwca 2013 r.